تحصیلات عالیدر هر جامعه ای به‌عنوان ابزاری مهم برای کسب دانش و مهارت های علمی در راستای اعتلای علمی و فرهنگی جوامع شناخته می‌شود. رسالت یک دانشگاه در جامعه، تربیت نیروی انسانی متعهد و متخصص است که در راستای  توسعه و پیشرفت علمی آن جامعه نقش آفرینی نمایند. دانشگاه‌های کشور موظف به پرورش نسل آگاه، دلسوز و توانمندی هستند که بتوانند سکاندار هدایت و مدیریت جامعه را دست گرفته به بهترین شکل ممکن جامعه را بسوی پیشرفت و کمال سوق دهند. دانشگاه بین المللی المصطفی (ص) افغانستان با این چشم انداز قدم به این عرصه گذاشته است که با استفاده از سرمایه انسانی متعهد و خلاق در ترویج و انکشاف علوم اسلامی در افغانستان و منطقه پیشتاز باشد. رهبری و مسؤولین دانشگاه بین المللی المصطفی(ص) افغانستان بر این باورند که از طریق تربیت نسل جوان و آراستن آنان به اخلاق و منش اسلامی و پرورش استعدادهای درخشان آنان می توان به انکشاف و توسعه علمی  معنویت گرا و  اخلاق مدار دست یافت.

دانشکده علوم اسلامی به عنوان یک نهاد آکادمیک در چارچوب دانشگاه بین المللی المصطفی (ص) همزمان با تأسیس شعبه آن در افغانستان در سال 1392 تأسیس گردیده و شروع به فعالیت نموده است. عمده ترین دلیل ایجاد این نهاد علمی انگیزه خدمت رسانی به جامعه علمی افغانستان از طریق تربیت نسل جوان متعهد و متخصص این کشور بر اساس آموزه های دینی بوده است.

رهبری این نهاد علمی با در نظر داشت تعهد وظفوی و مسؤولیت شرعی خویش همواره تلاش نموده و می نماید که منطبق با مقررات وزارت تحصیلات عالی افغانستان و قوانین نافذه این کشور برنامه های علمی اثر بخشی را تدوین نموده موازی با نیازمندی های جامعه علمی افغانستان حرکت نموده سهم خویش را در انکشاف، آبادانی، ترقی و پیشرفت جامعه ایفا نماید.

با توجه به پالسی وزارت تحصیلات عالی و اراده جدی این نهاد در ارائه بهترین خدمات علمی- آموزشی، نهایت سعی و تلاش خویش را به کار می گیرد تا برنامه های خویش را توسط مجرب ترین استادان و پیشرفته ترین متدهای آموزشی به کار گرفته بهترین زمینه های تحصیل و تکامل را برای جویندگان علم و دانش فراهم سازد.

امیدواریم با افزایش سرمایه گذاری های لازم در بخش آموزش و توسعه زیر ساخت های آموزشی و پژوهشی فضای سرشار از نشاط علمی برای محصلان مستعد و علاقه مند فراهم ساخته با یک برنامه هدفمند محیط مطلوب علمی فرهنگی را در دانشکده علوم اسلامی ایجاد نمائیم؛ که حاصل آن گسترش اخلاق، معنویت، توسعه علم و دانش و تربیت نیروهای متعهد و متخصص وظیفه شناس باشد.