کتابخانه نمایندگی المصطفی در افغانستان از نظر تشکیلاتی زیر مجموعه معاونت پژوهش می‌باشد. از نظر موقعیت کتابخانه در طبقه منفی یک ساختمان نمایندگی قرار دارد و متشکل از سالن مطالعه به مساحت 75/183 متر مربع و بخش مخزن که در منفی دوی ساختمان نمایندگی است، دارای مساحت 25/92 متر مربع می‌باشد.

سالن مطالعه کتابخانه دارای امکانات لازم مانند: اینترنت پرسرعت، 16 پایه رایانه و 91 میز و چوکی است که به طور همزمان ظرفیت پذیرش نود و یک نفر را دارد. در کلیه دستگاه‌های موجود در کتابخانه نرم افزارهای بانک اطلاعات نصب بوده و همچنین دارای فایل کتابخانه الکترونیکی المصطفی که حاوی بیش از30 هزار اثر شامل: کتاب، مقاله، کلیپ‌ها و پاورپوینت‌های آموزشی، می‌باشد. سالن مطالعه از امکانات گرمایشی و سرمایشی مورد نیاز برخوردار است. در مخزن کتابخانه فعلا 17912 جلد کتاب و 642 جلد پایان نامه، وجود دارد و در مجموع، ظرفیت حدود چهل هزار جلد کتاب را دارا می‌باشد. کتابخانه از ساعت هفت و نیم صبح الی هفت عصر به روی مراجعین باز است  و در این مجموعه سه کارمند مشغول خدمات می باشند.