پژوهش و تحقیق پیشران اصلی کشورها به سمت تعالی مادی و معنوی به حساب می‌آید. توسعه و انکشاف مادی و معنوی جوامع بشری بدون رشد مراکز پژوهشی غیر ممکن است. کشورهایی در عرصه جهانی پیشرو هستند که شاخص‌های برتر را در تولید علم و فناوری دارند. این شاخص‌ها فقط از طریق پژوهش محقق می‌شود. دانشگاه بین المللی المصطفی هدف اصلی خود را رشد جوامع اسلامی در عرصه‌های مختلف علمی و معنوی قرار داده است. این امر از طریق توسعه تحقیق و پژوهش در تمام عرصه‌های مورد نیاز جامعه اسلامی تحقق پیدا می‌کند. در این راستا تاسیس مراکز پژوهشی در جغرافیای پهناور جهان اسلام متناسب با نیازهای بومی آن جوامع از سیاست‌های اصولی جامعه المصطفی(ص) العالمیه به حساب می‌آید. با توجه به ضرورت پژوهش به عنوان بستر اصلی انکشاف جامعه اسلامی افغانستان بعد از چند دهه جنگ، مرکز پژوهشی المصطفی(ص) در افغانستان در زمستان سال 1390، همزمان با شروع فعالیت‌های نمایندگی جامعه المصطفی(ص) العالمیه در افغانستان آغاز به فعالیت نمود.