هدف کلی رشته تحصیلی فقه و معارف اسلامی آموزش، عرضه دانش فقهی و معارف اسلامی و هم چنین کسب مهارتهای لازم در زمینه فقه و معارف اسلامی است که با استفاده از میراث غنی منابع فقهی و معارف اسلامی، دانش معیاری این رشته را در سطح معیارهای جهانی ارائه نموده، نیرویهای متخصص و متعهدی را برای رفع نیازهای جامعه افغانستان در عرصه فقه و معارف اسلامی تربیت نماید. بنابراین دروهی لیسانس فقه و معارف اسلامی، عبارت از مرحلهای است که دانشجویان به منظور آشنایی با اهداف زیر، با دروس تخصصی رشته ی مربوطه آشنا شده، و در پایان موفق به اخذ مدرک لیسانس در آن رشته میشوند. در مجموع اهداف این رشته عبارتند از:
تربیت معلم فقهی و معارف اسلامی.
تربیت مبلغ دینی.
تربیت کارشناس در رشته ی مربوطه.
تربیت دانشجویان مستعد برای ورود به دوره ماستری.