دانشکده علوم اسلامی پوهنتون المصطفی(ص) کابل همزمان با فعالیتهای پوهنتون در سال 1390 اقدام به جذب محصل در سه رشته لیسانس قرآن و حدیث، فقه و معارف اسلامی و ماستری تفسیر و علوم قرآن نمود. این دانشکده تا کنون چندین دوره فارغ داشته است و محصلان زیادی را تقدیم جامعه و وارد بازار کار افغانستان نموده است.