بخش پشتیبانی و خدمات زیرمجموعه معاونت اداری و مالی دانشگاه بین‌المللی المصطفی افغانستان است. فعلاً تصدی از بخش را جناب آقای دکتر محمد اسحاق مهدوی به عهده دارد که با همکاران خویش آقای عظیم ابراهیم مدیر تأسیسات، آقای سید علی علی پور مدیر خرید، احمد زید خلیلی مدیر انبار، جناب آقایان حیدری و همایون به‌عنوان دریور و آقایان جمعه خرمی، غلام سخی خرمی، نصرت احمدی، غلام عباس رضایی و یاسین اعلم زاده نیروی خدماتی، کارهای محوله این بخش را به‌منظور تأمین برنامه‌ها و اهداف معاونت اداری مالی پیش می‌برد. این بخش با شرح وظایف تعریف‌شده خدمات زیر را برای هر چه بهتر شدن رفاه در دانشگاه ارائه می‌کند:

    1. پیش‌بینی قیمت و خرید اقلام مصرفی و غیر مصرفی موردنیاز بخش‌های دانشگاه؛

     2. مدیریت خرید، بهبود و توسعه سیاست‌ها و روش‌های خرید؛

     3. بررسی اسناد مربوط به خرید و تطبیق با آیین‌نامه‌های مالی معاملات دانشگاه؛

     4. مدیریت بر انجام امور تشریفات و پذیرایی جلسات و مهمانی‌ها؛

    5. برنامه‌ریزی، نظارت و مدیریت بر هزینه‌های انرژی و ارائه راهکارهای کاهش هزینه؛

    6. اتخاذ تدابیر و تصمیمات لازم در موارد بحرانی و پیش‌بینی‌نشده؛

     7. نظارت بر کلیه خدمات، خرید و ثبت و ضبط اموال دانشگاه؛

    8. تعمیرات و نگهداری از تأسیسات دانشگاه.